Диагностика транслокаций NTRK
Только с помощью чувствительных и специфичных тестов можно надежно выявлять транслокации NTRK.1–3
- Существует множество молекулярных тестов для обнаружения транслокаций, но некоторые из них более специфичны, чем другие.1,2,4–10
- Секвенирование нового поколения (NGS) обладает высокой чувствительностью и специфичностью, необходимой для определения всех транслокаций.9–16
Методы обнаружения слияния генов NTRK17
| Метод | Чувствительность/ специфичность | Обнаружение гена-партнера | Обнаружение экспрессии | Скрининг | Обнаружение слияния всех генов NTRK |
| ИГХ (Иммуногистохимия) | Высокая/умеренная или высокая | Нет | Да | Да | Только в качестве инструмента скрининга |
| FISH (флуоресцентная гибридизация ДНК in situ) | Высокая/высокая | Нет | Да | Да | Да – один ген на срез* |
| ПЦР-ОТ (Полимеразная цепная реакция с обратной транскриптазой) | Высокая/высокая | Да, ограничено | Да | Нет | Да* |
| РНК-seq NGS (РНК-секвенирование нового поколения) | Высокая/высокая | Да | Да | Да | Да |
| ДНК-seq NGS (ДНК-секвенирование нового поколения) | Умеренная/высокая | Да | Нет | Да | Да |
* FISH или ПЦР-ОТ с помощью специфических зондов могут использоваться для определения транслокаций с известными генами-партнерами
| Метод | Характеристики |
| ИГХ (Иммуногистохимия) |
|
| FISH (флуоресцентная гибридизация ДНК in situ) |
|
| ПЦР-ОТ (Полимеразная цепная реакция с обратной транскриптазой) |
|
| РНК-seq NGS (РНК-секвенирование нового поколения) |
|
| ДНК-seq NGS (ДНК-секвенирование нового поколения) |
|
Рекомендации ESMO: алгоритм тестирования NTRK17
Важно убедиться, что диагностический тест включает определение транслокаций трех генов NTRK 1, 2, 3 и валидирован в соответствии с референсными стандартами.
Горячая линия по NTRK тестированию: 8-800-100-68-53
Памятка по отправке материала
AMP - Ассоциация молекулярной патологии; CAP - Колледж американских патологов; ДНК-seq NGS - ДНК-секвенирование секвенирование нового поколения; FISH - флуоресцентная гибридизация ДНК in situ; IASLC - Международная ассоциация по изучению рака легких; ИГХ - иммуногистохимия, NGS - секвенирование нового поколения; НМРЛ - немелкоклеточный рак легкого; ПЦР - полимеразная цепная реакция; РНК-seq NGS - РНК-секвенирование секвенирование нового поколения; ПЦР-ОТ - полимеразная цепная реакция с обратной транскриптазой.
Ссылки:
1. Su D, et al. J Exp Clin Cancer Res 2017;36:1–12. 2. Hechtman JF, et al. Am J Surg Pathol. 2016;41:1547–1551. 3. Kumar-Sinha C, Kalyana-Sundaram S, Chinnaiyan AM. Genome Med 2015;7:1–18. 4. Vaishnavi A, et al. Cancer Discov 2015;5:25–34. 5. Murphy DA, et al. Appl Immunohistochem Mol Morphol 2017;25:513–523. 6. Stack EC, et al. Methods 2014;70:46–58. 7. Knezevich SR, et al. Nat Genet 1998;18:184–187. 8. Naidoo J, Drilon A. Am J Hematol Onco 2014;10:4–11. 9. International Association for the Study of Lung Cancer. IASLC Atlas of ALK and ROS1 Testing in Lung Cancer. Available at: https://www.iaslc.org/sites/default/files/ wysiwyg-assets/alk-ros1_atlas_lowres.pdf (Accessed April 2019). 10. Shan L, et al. PLoS One 2015;10:e0120422. 11. Bubendorf L, et al. Virchows Arch 2016;469:489– 503. 12. Cao B, et al. Onco Targets Ther 2016;31:131–138. 13. National Comprehensive Cancer Network. NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology (NCCN Guidelines). Non-Small Cell Lung Cancer. V.5.2018, 2018. Available at: www.nccn.org/professionals/physician_gls/recently_updated.aspx (Accessed April 2019). 14. Zheng Z, et al. Nat Med 2014;20:1479–1484. 15. Drilon A, et al. Clin Cancer Res 2015;21:3631–3639. 16. Grada A, Weinbrecht K. J Invest Dermatol 2013;133:e11. 17. Reis-Filho JS. Detecting MSI and TRK fusion using NGS: ESMO recommendations (2018). Presented at ESMO Congress 2018. NTRK Testing Guidance (adjusted from ESMO proposal). 18. Rogers TM, et al. Sci Rep 2017;7:1–8.
M-RU-00001163 Октябрь 2020